เมืองปายแต่เดิมตั้งอยู่ที่ตำบลเวียงเหนือเป็นเมืองเก่าแก่มาช้านาน ตั้งแต่ ประมาณ พ.ศ. 1800 ตามประวัติความเป็นมาของอาณาจักรล้านนาเรียก อำเภอปายว่า "บ้านดอน" ทั้งนี้เนื่องจากมีที่ตั้งอยู่บนดอนมีป่าไม้ไผ่ล้อม รอบ มีแม่น้ำไหลผ่าน 2 สาย คือ แม่น้ำปายและแม่น้ำเมือง ไหลผ่านทาง ทิศเหนือและทางทิศตะวันตก รอบบ้านดอนเป็นที่ราบกว้างใหญ่ เหมาะสำ หรับเป็นที่ตั้งทัพ และปลูกข้าวเป็นเสบียงเลี้ยงกองทัพและผู้คนได้เป็น จำนวนมาก พ.ศ. 1857 ตรงกับ จุลศักราช 679 ทางพิงค์ นคร เชียงใหม่ ซึ่งมีพระเจ้าครามณีเป็นผู้ครองนครอยู่ ได้ทราบว่ามีชาวพม่าชื่อ พะกำซอ ยกทัพมาตั้งอยู่ที่บ้านดอนก็เกิดความสนใจ ต่อมา เกิดการจราจลที่เมือง แสนหวี เมืองนาย เมืองลายคำ เมืองหมอกใหม่ ในรัฐไทยใหญ่ ประเทศสหภาพพม่า พะกำซอยกทัพกลับไปปราบจราจล จนสงบ และ ย้อนกลับมาอีกครั้งเมื่อปี พ.ศ. 1860 พะกำซอได้สร้างบ้านดอนเป็นปึก แผ่น ยิ่งขึ้น มีการขุดคูเมืองรอบด้านทุกด้าน ดินที่ขุดขึ้นมาได้ถม เป็นคัน ดินสูง สร้างประตูเมือง 2 ประตู ทางทิศใต้และทางทิศตะวันออก จนบ้าน ดอนเป็นเมืองที่แข็งแรงยากที่ศัตรูจะมาตีเมืองนี้ได้

    อำเภอปาย มีร่องรอยการอาศัยอยู่ของมนุษย์ยุคก่อนประวัติศาสตร์ และมีชุมชนโบราณที่ปรากฏชื่อในตำนาน คัมภีร์ใบลาน หลายเมือง และมีประวัติสืบต่อกันมานับร้อยปี ประกอบกับมีหลักฐานโบราณคดีปรากฏอยู่ในชุมชนโบราณดังกล่าวด้วย จาก การศึกษา ของพระครูปลัดกวีวัตน์ธนจรรย์ สุระมณี วัดเจดีย์หลวง อำเภอเมือง เชียงใหม่มีรายงานการสำรวจว่าใน เขตเมือง น้อยอำเภอปาย มีหลักฐานโบราณคดี สมัยก่อนประวัติศาสตร์ดังนี้

        ► ถ้ำผีแมน บ้านห้วยหก (ตำบลเวียงเหนือ อำเภอปาย) อยู่ห่างจากบ้านห้วยหกไปทางทิศตะวันตก ราว 1,500 เมตร พบ ซากกระดูก และระแทะคล้ายรางไม้ให้อาหารสัตว์ หลงเหลืออยู่บางส่วน ถูกชาวบ้านเผาไปเกือบหมดแล้ว ถ้ำผีแมนที่ อยู่ของมนุษย์ก่อนประวัติศาสตร์นี้ ในเขตจังหวัดแม่ฮ่องสอนมีอยู่หลายแห่งเช่น

                 o ถ้ำป่าคาน้ำฮู ตำบลปางหมู อำเภอเมือง จังหวัดแม่ฮ่องสอน

                 o ถ้ำน้ำลอด อำเภอปางมะผ้า จังหวัดแม่ฮ่องสอน พบหลักฐาน ของใช้ของคนถ้ำในยุคนั้นคือ กำไลแขนทำด้วย โลหะ,  หม้อดินลายเชือกทาบ,ขวานหินขุด ระแทะไม้ ฯลฯ

         ► ถ้ำดอยปุ๊กตั้ง อยู่ทางทิศใต้ของบ้านห้วยเฮี้ย (ตำบลเวียงเหนือ อำเภอปาย) ใช้เวลาเดินทางด้วยเท้าจากหมู่บ้าน ประมาณ 1 ชั่วโมง พบเครื่องใช้ของมนุษย์ถ้ำมีลักษณะเช่นเดียวกันกับที่พบในถ้ำผีแมนแห่งอื่น ๆ